西暦2035年、日本。

数年前より、謎の怪生物が出現。政府はこの怪生物を「特定巨大生物」と呼称した。

多くは2mから10m級の個体だったが、40m級の個体も登場。

宇宙や異銀河からの来訪者も相次いだため、政府は特務機関の設立を決定。

作戦立案や調査研究を専門とした特務機関・SBCD（Special Biological Crisis Division）が結成された。

だが、政府機関宛に謎の信号を送る存在や、正体不明の巨人も降臨。

SBCDは早急に実践部隊の配備を進めるが、まったく追いついておらず、状況は混沌の一方だった。

この物語は、そんな世界に生きる、一度は夢をあきらめた青年のヒューマン・ドラマである。